Certains phénomènes naturels sont parfois représentés dans les drapeaux. Il peut s'agir de phénomènes lumineux comme les arcs-en-ciel ou les aurores boréales, de phénomènes météorologiques comme la pluie, la neige ou les éclairs, ou encore de phénomènes géothermiques comme les sources chaudes.
Nous les présentons ici avec leurs significations, qu'elles soient économiques, touristiques ou autres.
La plupart de ces phénomènes sont liés au thème général de l'eau. Ils peuvent être rapprochés des mers, des rivières ou de la pluie et de la neige. Le menu orange du menu général ci-dessus permet d'accéder aux pages consacrées à l'eau dans les drapeaux.
Un arc-en-ciel est un phénomène optique produit par la réfraction, la réflexion et la dispersion de la lumière du Soleil dans les gouttes d'eau en suspension dans l'air.
Les arcs-en-ciel ont également une signification symbolique. Dans plusieurs drapeaux d'Amérique centrale, ils sont associés au bonnet phrygien, en référence à la Révolution française. Ils expriment alors le souhait d'accéder à la liberté et à l'indépendance.
Les arcs-en-ciel peuvent être également représentés uniquement par leurs couleurs.
L'aurore polaire est un phénomène lumineux atmosphérique caractérisé par des voiles colorés, souvent verts, dans le ciel nocturne. Elle est appelée aurore boréale dans l'hémisphère nord et aurore australe dans l'hémisphère sud.
Ce phénomène est très rarement représenté dans les drapeaux. Nous n'en connaissons qu'un seul exemple, celui de l'oblast de Mourmansk.
La représentation des éclairs est très rare dans les drapeaux.
Dans le drapeau de l'État de Zulia, au Venezuela, l'éclair fait référence à un phénomène particulier appelé la foudre de Catatumbo, qui se produit au-dessus du lac de Maracaibo.
Les nuages sont rarement représentés pour eux-mêmes. Ils servent généralement de support à un autre élément du dessin ou constituent un élément décoratif.
La pluie est assez rarement représentée dans les drapeaux. Dans les pays souffrant de sécheresse, elle est synonyme de vie et d'abondance.
Le mot « pula », qui signifie « pluie » en tswana, figure notamment sur les armoiries du Botswana et sur le drapeau présidentiel.
Nous ne reprenons pas ici les sommets enneigés visibles sur les pages dédiées aux montagnes et aux volcans. Dans les drapeaux ci-dessous, la neige est représentée spécifiquement parce qu'elle constitue un élément caractéristique de la région.
La neige peut être représentée encore plus précisément par ses flocons, comme sur le drapeau de la région d’Aysén del General Carlos Ibáñez del Campo au Chili.
La couleur blanche du drapeau des Territoires-du-Nord-Ouest représente officiellement la banquise. Au Groenland, elle représente à la fois la banquise et les icebergs.
Les sources chaudes de Los Ausoles, situées dans le département d'Ahuachapán au Salvador, constituent l'un des principaux sites géothermiques d'Amérique centrale. Elles forment un vaste ensemble de sources chaudes, de fumerolles et de mares de boue. Le site est exploité pour la production d'électricité géothermique depuis 1975.
L'État d'Aguascalientes, dont le nom signifie « eaux chaudes », se situe au Mexique. Il possède des sources chaudes ayant une température de 32 à 38 °C. Elles sont utilisées pour le thermalisme, notamment aux Baños Termales de Ojocaliente.
Dans le drapeau de l'État, elles sont figurées par une fontaine et des bûches enflammées en dessous.
La principauté d'Andorre est célèbre aussi pour ses sources thermales. On les retrouve dans les drapeaux des paroisses d'Escaldes‑Engordany et d'Ordino.